Probiyotiklar sog'liq uchun foydali deb hisoblansa-da, ba'zi odamlar uchun bu mikroorganizmlarni dastlabki iste'mol qilish bir qator noqulay belgilarga olib kelishi mumkin. Probiyotiklarni birinchi marta qabul qilganda, ba'zi odamlar shishiradi, diareya, bosh og'rig'i, isitma, mushak og'rig'i, miya tumanligi va ehtimol tashvish kabi alomatlarga duch kelishi mumkin. Ushbu alomatlar organizmda yuzaga keladigan o'zgarishlarga, masalan, potentsial patogenlarning nobud bo'lishi yoki ichak reaktsiyalarining qayta faollashishiga javob deb hisoblanadi, bu hodisa ba'zan "Herksgeymer reaktsiyasi" deb ataladi.
Herxheimer reaktsiyasi odatda tananing yangi mikrobial muhitga moslashishini ko'rsatadigan dastlabki javobdir. Buning sababi probiyotiklarning mavjud mikrobial hamjamiyat bilan o'zaro ta'siri bo'lishi mumkin, bu bakteriyalarning o'limiga yoki ushbu alomatlarni qo'zg'atadigan metabolitlarning chiqarilishiga olib keladi. Noqulay bo'lsa-da, bu reaktsiya odatda qisqa muddatli bo'lib, tezda pasayadi. Buni tananing gomeostaz jarayonining bir qismi deb hisoblash mumkin.
Bu odatda kam sonli odamlarga ta'sir qiladi, alomatlar engil va odatda bir necha kundan bir necha haftagacha davom etadi. Agar ushbu alomatlar sizni bezovta qilsa, siz dozani kamaytirishingiz yoki qayta urinishdan oldin bir necha kun foydalanishni to'xtatishingiz mumkin; agar bu alomatlar bir necha haftadan ortiq davom etsa, uni ishlatishni to'xtating; Agar sizda nafas qisilishi, tomoq qisilishi, ürtiker yoki boshqa allergik reaktsiyalar belgilari bo'lsa, uni darhol ishlatishni to'xtating. Nojo'ya ta'sirlar ehtimolini kamaytirish uchun, ayniqsa, sezgir ovqat hazm qilish tizimiga ega bo'lganlar uchun, oz miqdorda probiyotiklardan boshlash va keyin bir necha hafta davomida dozani oshirish oqilona.
Og'ir immunitet tanqisligi bo'lgan odamlarda probiyotiklarni ehtiyotkorlik bilan ishlatish kerak, chunki kamdan-kam hollarda probiyotiklarni qabul qilish infektsiyaga olib kelishi mumkin. Buning sababi shundaki, immunitet tizimi organizmdagi mikroorganizmlarning ko'payishini samarali nazorat qila olmaydi, infektsiya xavfini keltirib chiqaradi.
Ba'zi odamlar probiyotiklarning ayrim turlariga, ayniqsa Saccharomyces boulardii bilan bog'liq xamirturushlarga allergik reaktsiyaga ega bo'lishi mumkin. Boshqa turdagi probiyotiklar, masalan, laktobakteriyalar, odatda, allergik reaktsiyalarni qo'zg'atmaydi.
Ba'zi probiyotiklar ovqat hazm qilish traktida gistamin ishlab chiqarishi mumkin. Gistaminning haddan tashqari chiqarilishi qichishish, ko'z yoshi ishlab chiqarishni ko'paytirish, burundan oqishi, nafas olish qiyinlishuvi, qizarish va shishish kabi alomatlarga olib kelishi mumkin, ayniqsa gistamin intoleransi bo'lganlar uchun. Noqulaylikni oldini olish uchun ushbu probiyotik shtammlardan saqlaning.